Alguns administradores fazem a limpeza em linha de comando usando o famoso exim -bp | exiqgrep -i | xargs exim -Mrm
Mas o problema destas ações é que o Exim precisa estar ligado/ativo para que a fila seja excluída o que dobra o processamento do servidor.
Uma maneira simples de excluir essa lista sem load, mais rápido e com o Exim down (desligado) é excluir todos arquivos gerados no spool.
Logado no SSH como root primeiro pare o exim
# service exim stop
Em seguida acesse o diretório do spool;
#cd /var/spool/exim/input
E delete todos os arquivos;
#rm -rf *
Agora é só esperar, com certeza essa ação vai demorar a metade do tempo do que o WHM faria e sem causar danos no servidor.